چشم انداز
تولید و ثبت مقالات علمی در پایگاه های معتبر ملی و بین المللی، همکاری موثر با مراکز علمی تحقیقاتی داخلی، بین المللی و سازمان بهداشت جهانی، پیشتاز در ارائه تحقیقات در زمینه قارچ شناسی و باکتری شناسی پزشکی در کشور،کسب توان رقابت در سطح ملی، منطقه ای و بین المللی
ماموریت
مطالعات اپیدمیولوژیک وتحقیقات کاربردی در ارتباط با عفونت های بیمارستانی جهت پیشگیری و کنترل آنها، تشخیص مولکولی و سرولوژیک عفونت های قارچی و باکتریایی، بررسی مقاومت های آنتی بیوتیکی به داروهای ضد قارچی و ضد باکتریایی رایج و شناسایی مکانیسم های ایجاد آن در باکتری ها ، قارچ ها و کشف مواد جدید با خاصیت ضد قارچی و ضد باکتری جهت کنترل و درمان عفونت‌ها
گرایش پژوهشی
ارتقاء سطح کیفی خدمات قارچ شناسی و باکتری شناسی پزشکی در منطقه و کشور، مشارکت و برگزاری کارگاه‌های آموزشی و شرکت موثر در کنگره های ملی و بین المللی، دستیابی به دانش نوین و بومی سازی آنها، ارتقای آگاهی جامعه در خصوص تحقیقات انجام شده در مرکز، مشارکت و همکاری با مراکز تحقیقاتی داخل و خارج کشور و انعقاد تفاهم نامه با آنها، تلاش برای شبکه سازی ملی و استفاده از فضای مجازی در زمینه تحقیقات قارچ شناسی و باکتری شناسی پزشکی، تلاش جهت ایجاد پژوهشکده ای با تجمیع مراکز مشابه در دانشگاه و منطقه.